История местечка Дубки восходит к конце XVII века. Тогда деревня называлась Крымское Дворище. Необычное название оно получило, вероятно, из-за того, что в это время Звенигородский уезд неоднократно отдавался в держание татарским царевичам, а некоторые из них происходили из Крымского ханства. Свое нынешнее название поселок получил уже в двадцатом веке после слияния с соседним населенным пунктом.

Церковь Преображения Господня построил владелец поселения Алексей Янов — сначала деревянную, в 1790-м его потомки отстроили храм в кирпиче. В 1860-х годах к храму в стиле классицизма были пристроены боковые престолы во имя иконы Божией Матери "Знамение" (южный) и Святителя Николая Чудотворца (северный), а также трапезная.

После 1937 года храм был закрыт и разграблен. Во время войны в здание попадали бомбы, были разрушены своды боковых приделов, и уже после войны местные жители доломали колокольню, перестроили храм, возведя в нем множество перегородок и стен. В здании располагались сельскохозяйственные лаборатории, клуб, библиотека и магазин.

Сейчас храм восстановлен, в нем проводятся службы.