Церковь Покрова Божией Матери в селе Покровское-Засекино была построена в 1593 году на вотчинной земле князей Шуйских. С тех пор деревянная церковь здесь несколько раз горела и отстраивалась, пока в 1887 году на средства помещицы Н. Г. Дебриньи и прихожан не возвели кирпичный храм Покрова Божией Матери с приделами святителя Николая Чудотворца и святого благоверного великого князя Александра Невского. Здание церкви было кирпичным неоштукатуренным на белокаменном цоколе, выполнено в стиле эклектики с использованием форм и элементов древнерусской архитектуры. Церковь была украшена куполами, крестами, настенной росписью, с богатой церковной утварью. 

В 1932 году церковь была закрыта и разграблена. В 1941 году в храме размещался штаб 5-й армии генерала Лелюшенко. После освобождения всей Московской области, здание храма занимало военно-лечебное заведение, а с 1949 года здесь располагался штаб 79 военно-пожарной школы младших специалистов. При приспособлении храма под штаб войсковой части были снесены световой барабан с главкой, верхний восьмигранный ярус звона колокольни с шатровым завершением, западная белокаменная лестница; разобраны своды и поддерживающие столбы трапезной.         

В 1997 году снова стал действовать церковный приход. Началось и восстановление храма.