Исторически село Аксиньино с XV века принадлежало московским митрополитам. Расположение его на дороге из Звенигорода на Москву не могло оставить это место без церкви. Храм стоял здесь испокон веков, и изначально он был деревянным. В конце XIX века построили каменный храм в традициях старинного зодчества — в русском стиле, с трапезной и шатровой колокольней. Авторства этого объекта приписывают архитектору Василию Грудзину, который построил немало храмов в Звенигородском уезде. При строительстве новой церкви её сознательно отнесли подальше от берега реки и поближе к московской дороге.
Церковь, как и многие в Одинцовском городском округе, была закрыта в тридцатые годы. В период войны Аксиньино находилось у линии фронта. Осколок снаряда разрушил купол храма и своды северного придела. Каменную ограду разобрали жители, церковную утварь расхитили, а колокол, скорее всего, был реквизирован для военных нужд. Храм оставался в запустении до девяностых годов и затем был восстановлен в первозданном виде. Рядом располагается братская могила советских воинов.