Каменный храм Богоявления Господня при Звенигородском Успенском соборе был сооружен в камне в 2001-2002 годах на месте своего деревянного предшественника . Деревянный храм имеет очень короткую историю. Он был построен всего за 3 месяца, с сентября по ноябрь 1893 года.

Об освящении Богоявленского храма 30 декабря (столь скорую постройку и освящение можно объяснить желанием уже зимой 1894 г. совершать богослужения в теплом храме) сообщают две статьи – в Московских Церковных Ведомостях и Московском Листке (2). Освящение было совершено архиерейским чином епископом Можайским Тихоном. «Прекрасное слово о. Протоиерея, настоятеля собора, сказанное в день освящения, по причастном стихе, слово благодарности Богу и жертвователям, лучше всего выразило… неоскудевающую любовь православного сердца к благоукрашению храмов Бога живаго».

Первый храм Богоявления просуществовал чуть более тридцати лет. На его месте находились сараи и груды угля, на месте алтаря был устроен туалет.

Идея восстановления Богоявленского храма возникла в 2000 году. При настоятеле подворья архимандрите Иерониме, благодаря тщанию благотворителей, храм был построен в 2001-2002 годах и освящен 22 февраля 2003 года наместником Саввино-Сторожевского монастыря архимандритом Феоктистом.