Впервые церковь Покрова Пресвятой Богородицы в Перхушкове упоминалось в XVII. Каменный храм был построен в 1763-м году попечением тогдашнего владельца усадьбы, полковника Яковлева. Здание на Старой Смоленской дороге – аналоге современной Рублевки – получилось роскошным и богатым, вместо запланированных двух приделов возвели три.
Храм не избежал вторжения французских войск — парижане устроили внутри конюшню. После изгнания захватчиков церковь отремонтировали и заново освятили. В середине XIX века она была перестроена из крестообразной в прямоугольную и утеплена. В 1930-х годах власти попытались закрыть храм ,но получилось это лишь к началу войны, однако чаяниями прихожан все церковное имущество сохранилось до наших дней.
Постройка яркого-голубого цвета в стиле позднего барокко издалека привлекает взгляды людей. Храм, представляющий собой классический образец усадебный церкви, имеет статус памятника архитектуры федерального значения.

Село Перхушково возникло в середине XV в. Строительство каменной церкви связано с полковником М.А. Яковлевым. В 1758 г. он подал прошение разрешить постройку каменного храма в честь Покрова Пресвятой Богородицы с приделом святителя Николая.
Расположенное на старой Смоленской дороге, село оказалось в эпицентре боевых действий войны 1812 г. Наполеон останавливался в помещичьем доме: он упоминает о Перхушково в одном из писем к принцу Невшательскому. Во время нашествия наполеоновских войск церковь была осквернена и разграблена.
Храм перестраивался в 1863-1868 гг.: тогда он утратил первоначальную форму равноконечного креста и стал прямоугольным. Основное здание соединили с колокольней «для распространения теплой церкви». В 1876 г. центральный объем расписали. Еще через три года по проекту московского архитектора И.С. Семенова была надстроена колокольня. В августе 1886 г., в память освобождения крестьян от крепостной зависимости Александром I, в левом крыле главного алтаря был освящен придел святого благоверного князя Александра Невского. В мае 1930 г. местные власти попытались закрыть храм. Общине верующих была объявлена огромная сумма страхового взноса, возникшая вследствие неправильной страховой оценки церковного здания. Верующие опротестовали сумму взноса во ВЦИК и смогли доказать свою правоту. Храм закрыли лишь в начале 1941 г., но не успели разорить. В 1944 г.в Покровской церкви возобновились регулярные богослужения.

В настоящее время при храме действует детская и взрослая воскресные школы, дети принимают постоянное участие в богослужении в составе детского хора. В 2004г. в новом здании Перхушковской больницы был создан домовый больничный храм в честь целителей бессребреников Косьмы и Дамиана Римских.